COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 21.269053
2021-04-07 17:00:00 14.897085 21.919287 21.417204
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 21.504795
2021-04-05 17:00:00 28.501281 21.919287 21.673801
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 21.751531
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 21.808066
2021-04-02 17:00:00 21.919287 21.919287 21.853807

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 11.076086
2021-04-07 17:00:00 9.882671 9.882671 11.738032
2021-04-06 17:00:00 11.959288 2.746129 11.886800
2021-04-05 17:00:00 20.000000 1.154313 12.462144
2021-04-04 17:00:00 26.937269 15.190652 13.084656
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 13.820906
2021-04-02 17:00:00 21.632653 21.632653 14.690935

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 23.155314
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 23.184006
2021-04-06 17:00:00 10.659898 23.116438 23.127586
2021-04-05 17:00:00 9.248555 22.456140 23.012708
2021-04-04 17:00:00 23.611111 23.611111 23.063040
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 23.035549
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 22.977171

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 13.541795
2021-04-07 17:00:00 9.989737 9.989737 13.482197
2021-04-06 17:00:00 15.449011 7.261671 13.384318
2021-04-05 17:00:00 16.402998 16.402998 13.066056
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 13.126702
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 13.226002
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 13.259913

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 14.697055
2021-04-07 17:00:00 11.882054 11.882054 14.942908
2021-04-06 17:00:00 19.715684 15.396024 14.854430
2021-04-05 17:00:00 23.790013 23.790013 14.914317
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 14.949417
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 14.940823
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 14.934226

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 36.260194
2021-04-07 17:00:00 20.542083 15.039164 37.137287
2021-04-06 17:00:00 60.706063 21.535530 37.985378
2021-04-05 17:00:00 83.688341 83.688341 40.211176
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 41.781795
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 43.069404
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 44.378758

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 13.056220
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 13.698922
2021-04-06 17:00:00 12.909836 2.323009 14.222380
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 14.799892
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 15.281276
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 15.808750
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 16.515043

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 7.036883
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.292792
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.785871 7.465586
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.396018 7.597549
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 7.853536
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 8.060815
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 8.261435

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.910505
2021-04-07 17:00:00 11.105304 16.447368 16.767859
2021-04-06 17:00:00 17.159763 15.641936 16.854128
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 16.634919
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 16.700628
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 16.782671
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 16.808514

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 33.775183
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 34.083829
2021-04-06 17:00:00 36.406926 36.406926 34.757575
2021-04-05 17:00:00 27.401130 27.401130 36.122453
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 36.393044
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 36.762380
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 37.087378

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 12.548902
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 13.591250
2021-04-06 17:00:00 20.820189 2.273902 13.826665
2021-04-05 17:00:00 10.520231 6.435644 13.890395
2021-04-04 17:00:00 17.468902 17.468902 14.407315
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 15.086636
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 15.740771

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 3.375527 3.375527 4.238195
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.725953 4.370628
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.331976
2021-04-05 17:00:00 6.040268 6.040268 4.368598
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 4.498510
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 4.706691
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 4.915658

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 9.288571
2021-04-07 17:00:00 7.163886 9.925221 9.227678
2021-04-06 17:00:00 7.113821 8.288043 9.243776
2021-04-05 17:00:00 14.678899 14.678899 8.858097
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 8.718717
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 8.454161
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 8.400564

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 43.563719
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 44.340683
2021-04-06 17:00:00 13.265306 68.112245 44.617547
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 44.721329
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 44.765945
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 45.417566
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 46.221585

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 20.951573
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 21.460934
2021-04-06 17:00:00 26.817753 10.889571 21.802671
2021-04-05 17:00:00 36.265223 21.610721 22.366757
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 22.823592
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 23.355545
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 23.838781

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 44.969758
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 44.483426
2021-04-06 17:00:00 30.429212 114.990391 42.875776
2021-04-05 17:00:00 31.903864 31.903864 42.934861
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 43.689224
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 43.513707
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 43.213316

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 6.707719 6.707719 8.744528
2021-04-07 17:00:00 9.160571 9.160571 9.004043
2021-04-06 17:00:00 8.437706 8.790594 9.036562
2021-04-05 17:00:00 14.246725 14.246725 9.160096
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 9.242812
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 9.406448
2021-04-02 17:00:00 12.327339 7.440709 9.464444

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 12.748886 70.327869 58.269479
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 55.505295
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 54.511086
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 48.894574
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 43.302620
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 38.335964
2021-04-02 17:00:00 64.079706 64.079706 33.445521

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 14.693707
2021-04-07 17:00:00 12.233973 19.232276 14.767812
2021-04-06 17:00:00 21.554437 7.520861 14.771011
2021-04-05 17:00:00 21.946309 21.946309 14.537477
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 14.480955
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 14.378876
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 14.282440

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 16.396568 16.396568 17.390529
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 17.770485
2021-04-06 17:00:00 23.102310 20.576671 18.111259
2021-04-05 17:00:00 50.476190 6.982872 17.796563
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 18.173413
2021-04-03 17:00:00 15.251799 15.251799 18.710821
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 18.658074

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 19.428627
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 18.905312
2021-04-06 17:00:00 36.559140 8.426270 18.347324
2021-04-05 17:00:00 84.269663 84.269663 18.916077
2021-04-04 17:00:00 35.915493 35.915493 19.128967
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 19.182142
2021-04-02 17:00:00 24.210526 14.421053 19.166518

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 24.990141
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 26.810993
2021-04-06 17:00:00 24.889543 10.748357 27.083679
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 27.245737
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 27.999749
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 28.621454
2021-04-02 17:00:00 36.879266 36.879266 29.134051

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 14.948732 14.948732 11.076086
Basilicata 28.596491 28.596491 23.155314
Calabria 18.324226 18.324226 13.541795
Campania 13.152344 13.152344 14.697055
Emilia-Romagna 25.934861 25.934861 36.260194
Friuli Venezia Giulia 13.958461 13.958461 13.056220
Lazio 5.875107 5.875107 7.036883
Liguria 13.414211 13.414211 16.910505
Lombardia 26.932059 26.932059 33.775183
Marche 17.326733 17.326733 12.548902
Molise 3.375527 3.375527 4.238195
P.A. Bolzano 7.953817 7.953817 9.288571
P.A. Trento 40.097800 40.097800 43.563719
Piemonte 22.503726 22.503726 20.951573
Puglia 52.724359 52.724359 44.969758
Sardegna 6.707719 6.707719 8.744528
Sicilia 12.748886 70.327869 58.269479
Toscana 12.143233 12.143233 14.693707
Umbria 16.396568 16.396568 17.390529
Valle d'Aosta 20.000000 20.000000 19.428627
Veneto 23.934426 23.934426 24.990141

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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